在將房產出租給非個人居住者時，所收到的租金會被扣掉約２０％，在日本稱為源泉徵收稅。日本的「源泉徵收稅」類似於台灣的「所得稅代扣」，當「非日本居住者」有以下情形時，就會依法令進行源泉徵收。
①房屋出租時
- 租客是公司法人
- 租客雖是個人，但租賃用途是事務所、店鋪
當房東為非日本居住者，而租客為以上條件時，日本政府為避免非居住者逃漏稅，會要求在租客於每月房租中，事先提撥出租金的20.42%預先繳稅給政府。
②當出售日本不動產時
成交時需扣繳買賣金額的10.21%作為讓渡所得稅的源泉徵收稅。
被預先扣繳的稅金，只要有誠實申報所得稅，在扣除須繳納的稅金後將會返還多餘的部分。但由於日本稅務署只將溢繳的款項退還至居住者帳戶，若在日本國內無居住者帳戶，便無法辦理退稅，因此一定要委託在日持有居住資格的納稅管理人或稅理士協助處理。
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